Hạt giống

Tổng cộng có 66 đội chơi ở vòng loại thứ hai: 18 đội tham gia vòng này và 48 đội giành chiến thắng ở vòng loại thứ nhất. Lễ bốc thăm được tổ chức vào ngày 20 tháng 6 năm 2016.[4][16] (Lưu ý: Những con số cho mỗi đội đều được UEFA gán trước khi bốc thăm để xác định đội xếp hạt giống và đội không xếp hạt giống.)

Tóm tắt

Các trận lượt đi diễn ra vào ngày 14 tháng 7 còn các trận lượt về diễn ra vào các ngày 20 và 21 tháng 7 năm 2016.

Các trận đấu

Spartak Trnava thắng với tổng tỷ số 3–1.

Dinamo Minsk thắng với tổng tỷ số 2–1.

Tổng tỷ số hòa 0–0. Zagłębie Lubin thắng với tỷ số 4–3 trên chấm luân lưu 11m.

Vojvodina thắng với tổng tỷ số 3–1.

Tổng tỷ số hòa 2–2. Nõmme Kalju thắng với tỷ số 5–3 trên chấm luân lưu 11m.

Tổng tỷ số hòa 1–1. Brøndby thắng với tỷ số 5–3 trên chấm luân lưu 11m.

Domžale thắng với tổng tỷ số 3–2.

Austria Wien thắng với tổng tỷ số 5–1.

Gabala thắng với tổng tỷ số 4–1.

HJK thắng với tổng tỷ số 2–1.

Lokomotiva thắng với tổng tỷ số 4–1.

Shkëndija thắng với tổng tỷ số 1–0.

Grasshopper thắng với tổng tỷ số 5–4.

Midtjylland thắng với tổng tỷ số 5–2.

Osmanlıspor thắng với tổng tỷ số 7–2.

PAS Giannina thắng với tổng tỷ số 4–3.

Birkirkara thắng với tổng tỷ số 2–1.

Tổng tỷ số hòa 1–1. Maribor thắng nhờ luật bàn thắng sân khách.

IFK Göteborg thắng với tổng tỷ số 3–0.

Jelgava thắng với tổng tỷ số 3–0.

Tổng tỷ số hòa 3–3. Beitar Jerusalem thắng nhờ luật bàn thắng sân khách.

Admira Wacker Mödling thắng với tổng tỷ số 3–0.

Aberdeen thắng với tổng tỷ số 4–0.

Cork City thắng với tổng tỷ số 2–1.

Maccabi Tel Aviv thắng với tổng tỷ số 3–2.

Torpedo-BelAZ Zhodino thắng với tổng tỷ số 3–1.

Hajduk Split thắng với tổng tỷ số 4–3.

Videoton thắng với tổng tỷ số 3–1.

AEK Larnaca thắng với tổng tỷ số 5–2.

AIK thắng với tổng tỷ số 2–0.

Tổng tỷ số hòa 3–3. Slavia Prague thắng nhờ luật bàn thắng sân khách.

Tổng tỷ số hòa 2–2. Genk thắng với tỷ số 4–2 trên chấm luân lưu 11m.

SønderjyskE thắng với tổng tỷ số 4–3.